公益社団・財団法人への移行の認定の申請は、どこに対してしますか？

申請書類の提出先は「行政庁」となります。
複数の都道府県で事業活動を行う法人等（事務所が複数の都道府県にある法人や複数の都道府県で公益目的事業を行う旨定款で定めている法人、国の事務・事業と密接な関連のある公的事業で、政令で定めているものを行っている法人） にあっては、内閣総理大臣（提出は内閣府）、１つの都道府県内で事業活動を行う法人にあたっては当該都道府県知事（提出は都道府県庁）となります。
つまり、１つの都道府県にとどまらず、地方一円や全国規模で公益活動を行う法人は、内閣総理大臣宛ての申請書になります。