主務官庁によりNPO法人の設立の認証が取り消されると、NPO法人の法人格が剥奪され、解散することになります。
このため、認証が取り消される場合は以下の場合に限定されており、慎重な手続きが求められています。
・改善命令に違反した場合であって、かつ、他の方法によって監督の目的を達することができない場合
・3年以上にわたって事業報告書等の提出を行わない場合
なお、法令に違反している場合であって、改善命令を待っては事態の収拾等が困難な場合に限り、極めて例外的に、改善命令を経ることなく設立の認証を取り消すことができるとされています。